为了解咖啡对食道的潜在影响，科学家研究了所谓的“巴雷特食道症”，指的是食道因长期接触胃酸而受损，如有胃酸反流问题的人，食道内壁细胞会变成更顽强的胃样细胞，以保护自身免受胃酸侵害，这会增加食道癌风险，特别是对有食道癌家族史或吸烟的人。
胃会分泌厚厚的黏液，在胃黏膜和人们摄入的任何东西之间形成强大的防护罩。这种屏障可保护胃免受分解食物所需的自然酸性环境影响。
巴雷特指出，除了对肠道的影响，咖啡中的咖啡因能提高心率和血压，临睡前喝咖啡会扰乱睡眠。一早起身空腹喝咖啡，不太可能造成胃损伤，但理论上会引起胃灼热。
很多人有此经验：早上空腹喝咖啡，引起肠胃不适，尤其胃黏膜容易受损。
一些研究表明，咖啡可以放松并打开连接食道与胃的括约肌（sphincter），可能会让胃酸更容易上涌至食道，引起胃灼热的不适症状。2020年一项以4万8000多名女护士为对象的研究数据发现，喝咖啡的人出现胃灼热症状的风险更高。
美国加州大学戴维斯医学院生理学和膜生物学教授金·巴雷特指出，自上世纪70年代以来，研究人员不断研究喝咖啡所带来的好处和坏处，尤其是与肠道相关的影响，而报告显示人们的胃可以抵御各种刺激物，包括咖啡。
不吃早餐，先喝杯香浓的咖啡，会导致腹胀、痤疮、甲状腺问题或痛经等，这是许多人普遍的想法。
咖啡促进胃酸产生，如果先吃点东西，或在咖啡加入牛奶或奶精，可以起到缓冲作用，帮助中和胃酸。比起咖啡加牛奶或吃饭时喝咖啡，空腹喝咖啡，尤其是黑咖啡更能降低胃中酸碱值，不会影响胃黏膜，但可能会对食道内壁造成问题。
咖啡如何影响食道
美国得州达拉斯贝勒大学医学中心内科主任拜伦·克莱尔博士认为，酒精、香烟的烟雾和非甾体抗炎药（NSAIDs）如布洛芬（Ibuprofen）或萘普生（Naproxen），会改变胃的自然防御机制，损伤内膜。虽然某些刺激物会使胃更容易产生胃酸和溃疡，但多项大型研究发现，咖啡并不会带来这种影响。一项针对8000多名日本居民的研究发现，喝咖啡与胃溃疡或肠溃疡的形成无显著关联。
