原本保护人体免受病毒入侵的免疫系统对正常细胞也发起了攻击，这种现象被认为是引起并发症的原因之一。这种过度的免疫反应被称为“免疫风暴”，由于某种原因而发生过度反应，伤害器官和血管。截至5月中旬，仅美国就报告了200例婴幼儿出现发热及出疹子等类似“川崎病”症状的病例。
一名加拿大男性患者说：“从最开始出现症状到现在已经过去69天，但还是觉得乏力。眼睛疼，头也间歇性地疼痛。”很多人虽然没有发展为重症，但也因为后遗症或长期治疗而饱受痛苦。
严重并发症的蔓延会导致治疗期延长和后遗症风险提高。
没完全恢复正常功能
据美国约翰斯·霍普金斯大学统计，截至6月10日上午4时半左右，全球近720万冠病感染者当中，已有约335万人康复。但仍有很多患者因需要长期治疗或发展为重症而饱受痛苦，各国的医疗保险等社会安全网和医疗基础设施的负担也十分沉重。除了开发治疗药物和疫苗之外，还必须查明病情发展为重症的机理，并采取相关措施。
美国4月下旬至5月上旬针对640名感染者做的调查显示，九成人回答，并未完全康复，症状平均会持续40天。
中国武汉医生团队调查了25名冠病康复患者的血液样本，发现大部分患者无论病情是否危重，都没有完全恢复正常功能。国际血栓与止血学会发布了建议治愈患者出院后使用抗凝血剂的指导方针。
欧美等世界各国都报告了冠病对肺部以外的部位产生影响的并发症病例。原因之一被认为是病毒侵入血管形成的血栓。
荷兰医生等的研究结果显示，在感染冠病后住进重症加护病房的184名患者中，31％的人出现了伴有血栓的并发症。大部分属于血栓堵塞肺动脉的“肺栓塞”，还有部分患者并发了“脑梗塞”。
科德罗的右腿出现了血栓，导致血液无法流通至脚尖部位。为了防止血栓，医院给他使用了抗凝血剂，但对血压造成影响，出现肠内出血，因此不得不截肢。科德罗的妻子在Instagram上呼吁道：“尼克只有41岁，也没有什么旧疾。请大家不要小看冠病。”
“今天我的右腿要截肢。”说这句话的是获得美国戏剧界最高荣誉托尼奖提名的百老汇演员尼克·科德罗。他因感染冠病，于4月上旬被送进重症加护病房接受治疗。除了严重的肺炎症状外，他的右腿也发生病变。
不过，病毒形成血栓和引起过度免疫反应的机理尚不清楚。梅乌拉医生说：“目前还不明确病毒如何侵入内皮细胞，使用抗凝血剂是否有用。”也有像科德罗那样抗凝血剂不起作用情况，医疗线仍继续做尝试性治疗。
病毒侵入血管形成血栓
世界各地陆续报出多个2019冠状病毒疾病感染者患上严重并发症的病例。心脏、脑部、腿部等肺部以外的部位出现严重症状的情况较为突出。全球已有约335万（编按：现约有485万）冠病19感染者康复，但也有观点指出，仍有一部分人存在需要长期治疗或留下后遗症的风险。各国研究机构都在加紧查明并发症的机理，包括形成血栓以及免疫系统异常等。
英国医学杂志《柳叶刀》刊登的一篇研究论文称，发现了病毒攻击覆盖于血管内膜表面的内皮细胞的证据。这篇论文的作者之一、美国布莱根妇女医院医生曼蒂普·梅乌拉在接受日本经济新闻（中文版：日经中文网）的采访时指出：“（攻击）发生于心脏、脑部、肾脏等多个器官。”
意大利呼吸器官学会说，在冠病治愈病例中，三成人有可能留下呼吸器官疾病等后遗症。据当地媒体报道，肺部存在风险的状态可能至少会持续六个月。
