1945年日本战败，3万名在日台湾人中8000人选择返台，包括22岁的李登辉。返台前，他还和妻子曾文惠一起学过中国国语。
台湾学者黄光国认为，李登辉就像殖民地时代大多数的台湾年轻人，内心仍存有中国意识，只是跟同代人经历由“日本的台湾”转换到“中国的台湾”，同时体验过“双重认同”的困扰。
由于当时国民党政府内部对两国论修宪问题意见分歧，李登辉也看到民意虽然支持两国论，但对修宪、修法有所迟疑，决定让两国论停留在口头宣示。
李登辉在1990年代的两岸政策，先后提出“一个中国、两个政府”（1990）、“一个中国、两个地区、两个政治实体”（1991）、“阶段性两个中国”（1993）、“一个分裂分治的中国”（1997）到“特殊的国与国关系”（简称两国论，1999）的定位。
经过荷兰人、郑成功、满洲人、日本人、蒋派中国人等“外来征服者”先后轮流“殖民统治”，以及近代化和资本主义化的洗礼，台湾社会与台湾人在历史上、社会上脱离中国社会和中国人，逐步形成了“台湾民族”。
以李登辉接受《自由时报》总编辑邹景雯采访成书的《李登辉执政告白实录》（2001）披露，他主政12年里分别与中共两代领导人邓小平、江泽民维持一条秘密的沟通联系管道，直到卸任为止。
“因为少年时受他（盐见薰）的历史教育，使我对中国有一个起码的认识，对中国革命相当同情。”
从国籍法上讲，1923年出生在台北县的李登辉，自称曾是日本人确实符合历史事实。不过留下来的汉人和原住民属于日本国内的台湾籍民，政治地位和权利不能与日本本土国民相提并论。
李登辉向司马辽太郎提到台湾“四百年”及“国民党是外来政权”的概念，其实都是从真正的“台独教父”史明（本名施朝晖）1962年写成的《台湾人四百年史》一书中借来。史明提出，17世纪荷兰占领台澎，吸引福建汉人移民开拓，才揭开台湾社会发展的有史时代。
“两国论”引发陆美台三角关系再度紧张，时任陆委会主委的苏起多年后直指，两国论是“完全机密的个人决策”，推翻了国民党政府自1991年废止动员戡乱以来的大陆政策基础。两国论固然有抗衡北京“促统”压力的成分，更重要的是李登辉想凭藉至高无上的权力打破内外现状，用一个新的国家定位与两岸关系定位，来确立其继任人（无论是谁）不易撼动的李登辉路线。两国论后来也成为陈水扁政府的两岸政策基础。
美国虽调派两支航空母舰战斗群驶近台海警戒，仍必须改善对华关系。1997年10月江泽民应邀访美之后，1998年6月克林顿回访并在上海首次表示：不支持台湾参加以国家为主体的国际组织。
卸任后，2003年3月李登辉才在“世界台湾人大会”上，提出应将“中华民国”改名为“台湾国”，是首次公开主张更改国号；同年8月又说“中华民国其实根本不存在”，台湾要变成正常国家。
李登辉还向美国官方解释，他是从现实、法律与历史的角度，把两岸关系的定位讲得更清楚，宣示的是一个主权的事实，“但是我们没有放弃在未来追求和平统一，这个目标我们并没有放弃。”
因此，爬梳李登辉的思想脉络，应注意他在青少年、中年、老年等不同时期的思想变化，应看到他因不同的政治环境、身份、现实而做出妥协。这个复杂的处境与变化，未必是以“天生顽固、处心积虑”“台独教父”等简单评价，就能解释得清楚。
以上可见，李登辉的情感结构中包含了台湾意识、日本意识和中国意识，左右了他看待台湾、中国大陆和日本的视角。
北京从1988年就透过佛道思想学者南怀瑾担任中间人，联络李登辉的秘书苏志诚。从1990年至1995年为止，双方代表共计在香港、北京、珠海、澳门会面27次，前九次南怀瑾全程参与，后18次两岸直接对话。除了降低敌意、增加善意，始终未能达成具体共识。不过1992年6月，双方密使取得突破性进展，促成了1993年4月的新加坡汪辜会谈。1995年4月，由于新党立法委员郁慕明将两岸密使往来曝光，双方不得不中止会晤。
高中时期的李登辉，深受日籍左翼教师盐见薰以马克思主义讲授中国历史的影响，认为农业对中国的未来非常关键，而在1943年进入京都帝国大学选择攻读农业经济学。
大陆官方认为李登辉暗中分裂国民党、支持民进党，才使得主张“台独”的民进党能在2000年上台执政。
从“一国两府”到“两国论”
延伸阅读
此番亲日言论，对中国民族主义者听来十分刺耳，但根据1895年清廷与日本签订的《马关条约》，台湾被永久割让为日本领土，岛上汉人必须在两年内选择去留，“限满之后尚未迁徙者，酌宜视为日本臣民”。
李登辉自己说，其日本意识、台湾意识、中国意识、参加及退出共产党的想法一直在变，“历史、生理、意识等等演变的过程，与我们从出生到老化的过程，许多所在都是一样的”。
但2007年1月29日和31日，他又表示自己不是“台独教父”，从未主张过“台独”，还指“台独”本身是假议题，因为台湾已经是主权独立的国家，名字就叫“中华民国”。
两岸密使五年见面27次 取得突破促成汪辜会谈
他主张在维护国家尊严、照顾全民利益、彰显台湾主体性的前提下让陆资入台，开放中国大陆观光客赴台。这番言论，又让一帮台独大佬们感到错愕和尴尬。
尽管两国论始终没有进入《中华民国宪法》，2000年5月30日时任陆委会主委的蔡英文还指出，两国论作为两岸政治对话的准备任务已经完成，不能把两国论与“台独”等量齐观。但由于北京和台湾泛蓝阵营认定两国论违背“一个中国”的原则，加上李登辉卸任总统后，公开说过“中华民国已经不存在”、台湾需要正名，随着他的生命在2020年7月30日停止，两国论也被盖棺论定为李登辉搞“台独”的证据。
1995年6月，李登辉在美国康乃尔大学发表题为《民之所欲，长在我心》演讲，首次提到“中华民国在台湾的2100万人”。在北京看来，克林顿政府让台湾最高领导人访美，是给李登辉在国际社会制造“两个中国”、“一中一台”打气，于是中止大陆海协会与台湾海基会协商。1996年3月台湾首次直选总统前夕，解放军两次在台海试射导弹演习，但李登辉仍高票当选。
同样主张建构“台湾民族”的学者施正锋，批判李登辉“经营大台湾，建立新中原”的论述，只是试图将“中华民国”变为另一个华人国度，同时保有华人的文化认同及台湾的政治认同，心态上是权宜考量下的汉人忠诚者（Han loyalist，即与郑成功、蒋氏父子一样忠于汉人文化），而不是建立以台湾本土为中心的新国度。
李登辉有无中国意识？
一个月后，李登辉在国家安全会议成立了“强化中华民国主权国家地位小组”，由时任国安会咨询委员的蔡英文（现任台湾总统）召集法政学者研究，要在法理上证明“台湾不是中华人民共和国的一部分”。1999年5月，蔡英文等向李登辉建议，两岸关系应至少定位为“特殊的国与国关系”，并分阶段修宪、修法、废除《国家统一纲领》并以“跨世纪两岸关系纲领”取代。
1994年4月，李登辉作为时任总统兼中国国民党主席，向日本作家司马辽太郎感叹“生为台湾人的悲哀”“到22岁为止也是日本人”，并指国民党是“外来政权”而决心像摩西那样要带领台湾“出埃及”，引起海内外一片哗然。
“日本刚战败时，我认为自己是台湾人也是中国人，因为祖先是从中国那边来的……我想台湾既然已经回到祖国，希望快一点回来念书，为国家拼命、建设，不要留在日本读书。”
台独人士如何看李登辉？
李登辉12年总统任内（1988年至2000年），台湾经历了立法院改选、改采《认识台湾》教科书、人民直选总统、国民大会虚级化、台湾“冻省”等。他曾提出“中华民国在台湾”，主张中国应分割为台湾、西藏、新疆、蒙古、华南、华北、东北七部分，各自竞争发展以维持安定，乃至抛出震撼国际的“两国论”，但终究未修宪更改国号或在法理上宣布台湾独立建国。
卜睿哲则表示，保有“一个中国”的模糊空间，台海两岸才能维持稳定局面，建议台湾官方再次提出“一个中国、各自表述”。7月30日，海基会董事长辜振甫向大陆海协会指出，1992年两会曾有“一个中国口头上各自表述”的共识，但大陆一再宣扬其“一中”原则；台湾认为“一个中国”是未来式，两岸现状是对等分治，因此才定位为特殊的国与国关系，但海协会认为此说严重违背“海峡两岸均坚持一个中国原则”的共识而驳回。
中国国台办副主任王在希曾批评，李登辉早期推行“台独”路线有“形统而实独”的特点，一边搞分裂，一边又讲“一个中国”“统一目标”，打着“政治民主化”和“权力本土化”的旗帜，骗取台湾民心。
日本学者若林正丈指出，像李登辉这样在日本大正（1910年至1925年）时期出生的台湾人，战前所学的“国语”（日语），是他们营造知性和感性生活的凭籍，常会慨叹自身的幸与不幸，所以李登辉才会说“生为台湾人的悲哀”。
反反覆覆，该如何对李登辉盖棺定论？
1999年7月20日大陆国台办警告，如果台湾按两国论修宪修法，以“中华民国”名义实现“台湾独立”，两岸未来不可能“以和平方式统一”。大陆官方连日来透过解放军演习的消息施压，台北股市应声重挫。李登辉不得不补充说明，自1991年修宪以来已将两岸关系定位为“特殊的国与国关系”，而不是“一个中国”的内部问题。“一个中国”不是现在，将来民主统一之后，才可能有“一个中国”。
李登辉是日本人？
同年7月9日，李登辉接受“德国之声”专访时顺势指出“1949年中共成立以后，从未统治过中华民国所辖的台澎金马”，“1991修宪以来，已将两岸关系定位在国家与国家，至少是特殊的国与国的关系，而非一合法政府，一叛乱团体，或一中央政府，一地方政府的‘一个中国’的内部关系。北京将台湾视为叛乱的一省，完全昧于历史与法律上的事实。也由于两岸关系定位在特殊的国与国关系，因此没有再宣布台湾独立的必要。”
台湾第一位本省籍总统、也是第一位民选总统李登辉，历经了大时代风云变幻的一生。他既享有“台湾民主先生”的美誉，也因“岩里政男”的日本名字，以及“国民党是外来政权”“两国论”等争议性言论，在海峡两岸被许多人视为“台独教父”。
李登辉虽受日本教育和日本文化熏陶，小学五年级之前曾学过汉文，高中也用日语和台语上过《论语》《孟子》等汉文课；20几岁时曾读胡适、鲁迅和郭沫若的著作，认为中国传统文化长期受封建体制扭曲，社会弊病积习难改。
7月23日，他再向美国在台协会理事主席卜睿哲指出,“特殊国与国关系”并未脱离1997年国民党政府提出的“一个分治的中国”，只是为了打破北京设定的“一个中国原则”框架。他特别表示反对台独和“台湾共和国”，强调自己一手设立国统会与陆委会推动和平统一，不可能自相矛盾地主张台湾独立。
相对于史明旗帜鲜明提出脱离“中华民族”而建构“台湾民族”的台独理论，李登辉任内一再表示没有建立“台湾共和国”之必要，只是提出“中华民国在台湾”或“台湾中华民国”的模糊意涵。
他宣称1990年代推行“经营大台湾，建立新中原”的政策目标，就是要逐渐摆脱传统的束缚，“我们所做的这一切，也都为中国文化的再造，带来了新的希望”。
