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台湾陆委会星期三（5月29日）在官网发布新闻稿称，国台办的非理性言论，台湾人民无法接受，陆委会对此深表遗憾。
陆委会还表示，台湾人民热爱和平、与人为善，未来政府将遵循台湾主流民意，以自信、稳健、负责任、团结的态度，推动两岸事务。北京当局应和台湾民选合法政府进行沟通对话，寻求合作互利之道。
陆委会称，总统赖清德的就职演说向对岸阐明，政府将延续“四个坚持”，不卑不亢，维持现状；以对话取代对抗、交流取代围堵；以追求台海和平、互利互惠、共存共荣为共同目标，释出充分善意。
台湾总统赖清德上任后，中国大陆国台办主任宋涛星期二（5月28日）首度公开发声，批评赖清德上任伊始就发表“台独自白书”，损害了台海和平稳定。国台办发言人朱凤莲隔天在例行记者会上更补充强调，解放军上星期针对台湾本岛展开军事演习，就是对赖清德就职讲话“谋独挑衅”的坚决惩戒。
针对中国大陆国台办批赖清德发表“台独自白书”损害台海和平稳定，台湾陆委会回应称，谩骂恫吓无助两岸良性互动。
陆委会称，北京当局应用心体会，与台湾相向而行，通过善意的堆叠形成正向循环，推进两岸关系良性互动发展。
