张荣丰则认为“两国论”相关论述尚未成熟，还有两个阶段要沟通，且重要的不是宣示而是行动，因此他把这段话划掉，但李登辉后来又加回去。

张荣丰并没有说明“两国论”是不是在这份报告中提出来。

张荣丰星期六接受《自由时报》《官我什么事》节目专访时，透露了前总统李登辉提出“两国论”的来龙去脉。针对李登辉1999年7月9日接受德国之声访问时抛出“两国论”，苏起称这是少数人的决策，张荣丰澄清这不恰当且不符合事实。

张荣丰称，1998年6月30日时任美国总统克林顿在上海宣布“对台三不政策”，即不支持台湾独立；不支持一中一台；不支持台湾加入主权国家组成的国际组织。同年7月上旬，时任台湾国安局局长殷宗文到德国访问并会见时任德国总理科尔。科尔当时建议台湾应该找国际法学者帮忙设计如何强化台湾国际地位。

他续称，在1998年12月17日，李登辉开了一次国安会议，召集了各主管单位，包括苏起，并事先预告了整件事情，也代表了这不是李登辉关起门来做这个决定。

台湾前国安会副秘书长张荣丰星期六（9月10日）接受媒体专访时称，台湾前总统李登辉提出的“两国论”论述并非“少数人决定”。他还透露，在李登辉接受德国之声专访并抛出“两国论”前，他曾删去访谈稿子中的“两国论”表述，但李登辉后来再把它加进去。

张荣丰说，同年9月份，李登辉正式成立小组，由于当时在国安会任职的现任总统蔡英文的专长是法律，因此他建议蔡英文来负责强化台湾国际地位的事宜，并在9月提出正式报告。

张荣丰透露，台湾当时想派人到美国去解释，但美国拒绝台湾代表团进入美国。因此张荣丰后来与殷宗文、林碧炤还有另外一位民间人士，在1999年7月30日搭机到东京，美方则由时任国防部亚太副助理部长坎贝尔与会，现场还有一些高阶官员。

张荣丰还说，美方会中提出苏起必须要下台、负起责任，因为美方认为整个事件是因为苏起以陆委会主委的身分，宣布从此不再有“一个中国”。张荣丰等人回台后向李登辉报告，但李登辉并没同意，因为台湾政府人事不允许美国指手画脚。

张荣丰回忆，那场会议气氛很不愉快，美方质疑为何如此重要的事不预先通知；台湾方面则向美方解释提出“特殊的国与国关系”的原因，而美方仅回应“不在意”，他们比较在意的是“你们（台湾）接下来要干什么”。

张荣丰认为，因为他经历过1996年的台海危机，“两国论”论述在还没有经历过充分评估的情况下就提出来，可能会有风险。当天下午李登辉接受德国之声访问的同时，张荣丰就召开幕僚会议做危机预防。

张荣丰也反驳，苏起指1999年的台海危机处理是他做的，这个是违反作业程序，因为危机处理都是跨部会的工作协调。他强调，大宗物资的掌握、油电、股市、汇市，甚至军事的准备，都不是陆委会有办法指挥，所有应变计划，都是自己幕僚团队做的。

殷宗文回台随即就向李登辉报告此事，而当时也有日本学者向李登辉建议台湾应该在国际法庭上采取一些行动，来巩固台湾地位。 

至于李登辉接受德国之声访问抛出“两国论”，张荣丰说，当天访问询答内容的稿件是由时任新闻局长程建人和苏起草拟，李登辉看了稿子后不满意，并下令时任国安会副秘书长林碧炤重拟一份。后来，李登辉用铅笔在某一段画一个斜线并写下：“台湾不是叛逃的一省，至少是、两岸是特殊的国与国关系。”

不过，针对“两国论”是否少数人的决定，张荣丰说，蔡英文在报告中说得很清楚，第一个阶段是要把法律弄清楚，第二个阶段再找政治和两岸学者，以及主管部门一起讨论，意味着这份报告并非少数人拟出来的。