台北地院一审认为，李冠伶、许顺治2人破坏拒马，依毁损公物罪各判刑4月；黄茂吉反推行政院中央大楼大门，导致大门不堪使用，依毁损公物罪判刑5月；陈建斌、黄国阳、陈威丞、谢升佑、吴崇道、刘建明、许哲榕和林唐聿因恶意阻拦冲撞员警、出言辱警，与警发生危险推挤，在员警维持路口净空时袭警，甚至“盖布袋”偷袭警察，8人分别判处三月至五月徒刑。
时任行政院长江宜桦则回应“正义经常迟来，但不会不来。”
对于魏扬等人二审被判刑，台湾无党籍立委林昶佐表示，魏扬等人只是在现场呼口号，一审也因此获判无罪，二审却逆转，这对一般民众来讲很难理解。当年也参与太阳花学运的民进党立委赖品妤说，一审判决无罪，但二审更换法官，判决大逆转，而且用“控煽惑他人犯罪”不合理罪名，无法苟同这样的判决。
案经上诉，高院审理期间，义务律师团认为合议庭“对当事人充满敌意”，心证偏颇，曾声请法官回避，前年12月25日，审判长陈筱珮表示既然被告声请法官回避，再开下去大家也不服气，说“祝福各位圣诞快乐”后即退庭；高院驳回声请，最高法院也驳回抗告确定。
检方起诉指控王晟亦、郭修豪窃取浓烟逃生包、防毒面具，涉加重窃盗罪，一审认为他们并无将财物据为己有的犯意也判无罪。
综合中时电子报、联合新闻网等台媒报道，台湾高院撤销原判决关于魏扬、陈廷豪、林建兴、江昺仑、刘敬文、柯廷谕、许顺治被控煽惑他人犯罪无罪部分，改判有罪，其余驳回。
2014年3月18日晚上，以大学生为主的反服贸群众突破封锁线，占领立法院，5天后行政院也被攻占，是政府迁台以来行政院首度遭大规模攻击。检方事后依煽惑他人犯罪、妨害公务、侵入住居等罪嫌，陆续起诉132人，行政院前院长林全上任后对126人撤告，但被撤告者中仍有21人涉非告诉乃论罪。
魏扬、陈廷豪、许立等8人被检方起诉煽惑他人犯罪，一审认为他们或在脸书媒介散布不满的言词，或在群众抗议运动中带领群众、提振士气呼喊口号，并没有煽惑他人犯罪的犯意，判决无罪。
魏扬在高院审理时曾说，本案是因政权有不正当的作为，从2013年7月开始，许多民众就开始关心服贸协议，诉求却被忽略，还出现“半分忠”的状况，政府施政备受质疑，为了阻止不义的事情发生，当时已经没有其他方式可阻止服贸协议，才会包围行政院；其余被告也否认犯罪。
律师团曾举台北地院去年判台北市警局应国赔太阳花111万元案例，希望高院能审视相关判决，指行政院案是民众自发性的和平集会，而警察却使用国家暴力，魏扬等人在现场只是维持秩序，被以煽惑罪起诉并不公平。
其中魏扬、陈廷豪，因煽惑他人犯罪判4月，林建兴、江昺仑判3月，刘敬文、柯廷谕、许顺治判2月，均得易科罚金。许顺治撤销改判与上诉驳回部分，应执行5月刑，得易科罚金，以1000元（新台币，下同，约）折算一天。
另一方面，时任总统的马英九基金会执行长萧旭岑表示，攻占行政院，无论如何都是违法的事情，以民主为名，行暴力之实，绝不值得鼓励。
他表示，323攻占行政院不是“和平示威”，太阳花运动更不是“公民不服从”。如果太阳花算公民不服从，那所有非法暴行都可以自称公民不服从。在群众运动期间，这一切都没有办法好好讨论，只有在运动激情过后，才有可能在法庭之中慢慢地厘清，冷静地论辩。自古以来，正义经常迟到，但希望不是不来。
太阳花运动分子2014年3月23日攻占台湾行政院，多人被检方起诉，一审依妨害公务、毁损公物罪判11人有罪，各3月至5月不等徒刑，均可易科罚金，另“黑色岛国青年阵线”成员魏扬等人无罪；案件上诉，台湾高等法院今日（28日）宣判，共17人有罪，其中魏扬等六人从无罪逆转改判有罪。魏扬被控煽惑他人犯罪，判刑4个月。