据日本放送协会NHK，羽田机场的空中交通管制员当时允许日航飞机进入跑道。日航机组人员也在事发后对公司表明：“与空中交通管制部门回读和确认着陆许可，才进行着陆操作。”
日本交通部长齐藤铁夫表示，当局不但要协助调查，也将采取一切可能的安全措施，防止同样事故发生。
委员会调查官藤原塚调查后称，“已寻回海上保安厅机组的（黑盒子），将对这个语音记录和飞行记录进行核证。”对于日航飞机的黑盒子，他称：“因为火灾，机身严重损毁，目前还无法明确说明飞机是在那个时间点碰撞。”
NHK报道引述日本交通部官员谈话，认为两机长的起飞和降落认知必有一方出现误判。空中交通管制员绝对不允许两架飞机同时接近跑道，只能是指示海保机进入起飞跑道前的地点准备起飞，而海保机长却认为是起飞指示。
发生撞机事件后，羽田机场跑道封锁。有媒体统计，因航班被取消，滞留机场内的乘客多达200人。事发后隔天机场内仍处于混乱，等待改乘其他航班的特设柜台排了长长的人龙。日本人的新年假期就将结束，当局强调将加速回复正常运作。
评论家：控制塔发错信号和机长误判都有可能
有关报道指逃生的海保机长也称“是在获得空中交通管制员的起飞许可后行动”。 日本交通当局星期一晚的记者会上也就碰撞情况指出，“日本海上保安厅的飞机是从滑行道C-5进入跑道”。
据日本航空公司，事故发生后，飞机继续滑行约1公里，机上的379名乘客和机组人员从三个紧急出口撤离。当最后一个人从逃生滑梯下来时的计时是18分钟。报道称，日航平时的紧急训练的标准逃难时间是90秒。
日本交通安全委员会星期三（1月3日）正式启动调查羽田机场的撞机事件，报告已寻回记录海保机机长与地面控制塔通话的黑盒子。在冲撞后严重烧毁的日航516航班飞机，记录装置还在搜寻中。
事故发生在2日新加坡时间下午5时46分。一架从札幌新千岁机场出发飞往东京的日航飞机进入羽田机场C跑道降落，与日本海上保安厅的一架运输机相撞，导致两机起火。海保机上六名机组人员，除了机长外的五人当场死亡。不幸中的大幸，日航机上379的乘客与机组人员都及时下机脱险。
羽田机场跑道发生的日本航空客机与日本海上保安厅运输机相撞事件，日本国土交通当局启动调查。据日本放送协会NHK报道，初步调查发现，海上保安厅飞机机长对指示塔发令的理解有误。今后的事故调查焦点将聚焦于分析塔台人员、日航客机以及海保机之间的通讯记录。
延伸阅读
日本多个报道介绍外国飞行安全专家对日航这次能及时让乘客脱险的高评价。有专家称，“能在一场致命的航空事故中让所有人脱险，意味着乘客和机组人员的合作无间。”
航空评论家小林宏之指出，“日本机场发生这么重大的撞机事故是前所未闻。从目前的信息量推测，控制塔发错信号和机长误判都有可能。通讯记录将成为查明事故原因的关键。”
交通当局也公开空中交通管制塔收到的机长逃生后做的通报，内容是：“（机长）说飞机爆炸了，我已经逃了出来，其余机组人员不详。”
