肠道微生物还会影响我们的整体健康和患病风险。多项研究显示，肠道的微生物菌群与体内食物的消化，转型（形成致癌物质）与吸收，免疫（抗病性）和心智功能是息息相关的。会导致的疾病从敏感、肥胖、代谢失衡（糖尿病）、焦虑、抑郁，以致失智症（老人痴呆症）和其他等。

要保持肠道健康，我们应该多选择非加工食品、块茎类食物、综合碳水化合物食物、蔬菜，少油脂食物和单糖，偶尔补充益生菌。

2005年，世界胃肠病学组织（World Gastroenterology Organisation，简称WGO）将每年的5月29日定为“世界肠道健康日”（World Digestive Health Day），旨在唤起大家对肠道健康的关注。

上述提及的种种健康问题，决定了一个人的寿命，肠道健康与寿命长短成正比。

肠道的健康与我们的生命息息相关，生活在我们肠道里的微生物数量以几十兆计算，种类超过1000。大部分人都晓得肠道微生物对促进消化很重要，比如当某些食物很难消化时，肠里某些细菌就能及时伸出援手，也能帮忙制造维生素B和K。

健康饮食能促进肠道微生物的正常繁殖，发酵食品如味噌和酸菜，能提高肠道的发酵菌的数量。此外，含纤维和糖的食物如水果及蔬菜，也能促进肠道细菌环境的健康。运动则能增加细菌的多样性。