金门翻船事件导致两岸敌意螺旋持续升温，甫自大陆访问回台的淡江大学中国大陆研究所荣誉教授赵春山指出，“大陆要对台湾动武，我一点也不惊讶”。
在台湾立法院备询的行政院长陈建仁和管碧玲，对此重申台湾取缔“三无船只”（无船名、无船舶证书、无船籍港登记）不幸发生意外的立场，并表达遗憾，但坚持此事须交由司法机关调查才能厘清责任，愿意优先抚慰家属。
李朝晖指责台方自事发迄今未对事件真相作出令人信服的说明，且言词前后矛盾、否认事实、谎话连篇，对罹难者家属的关切和要求设置各种障碍，未妥善善后，制造各种困难。
中国大陆泉州台办副主任李朝晖星期二（3月5日）束装返回大陆前，严词谴责台湾海洋委员会主任委员管碧玲，在立法院对金门翻船事件出尔反尔、歪曲事实，推卸责任；且台湾协商人员自3月3日离开金门便未返回、毫无音信，充分表明民进党当局没有解决问题的诚意，“后果由民进党当局负责”。
台湾国防部长邱国正星期二到立法院备询前受访时说：“我怎么不担忧？我这么多年担忧的就是这个。”
另据中央社报道，军方“海空精准弹药射击操演”往年集中于八九月，在屏东九鹏基地一带执行，为强化实战训练，未来时序不局限于同一时段，转为多频次实战化射击，21炮指部将在4月射击陆射剑二防空飞弹。
延伸阅读
中央社：军方海空炮操演 强化训练转多频次实战射击
台湾海巡署人员两度欲致赠罹难者家属每人10万元人民币（1万8672新元）慰问金，但双方对事故原因认知不同，家属拒绝接受。
大陆一艘渔船2月14日在金门海域遭台湾海巡艇驱离过程碰撞翻覆，两人死亡。两岸代表沟通多日，未能达成共识。大陆海警船、海监船等近日频频在金门和厦门海域巡防施压。
邱国正被询及此与两岸紧张情势是否有关时说，因为敌情变化、强化训练等因素，将增加实弹射击训练次数，但不会溢出范围，年度要打多少弹药都有规范，只是平均分配到平常去执行。
他强调，两岸要怎么平和处理，不是军方单方面的决定，还有政治、外交等，军事不宜贸然躁进，目前就由海巡署处理，军方就不要再介入，希望能平和落幕。
