邱太三还说，两岸应以“对话”代替“对抗”，用“合作”取代“冲突”，采取务实、开放的态度面对两岸交流，逐步消弭两岸间的敌意螺旋，重建双方善意互信，建构良性互动的两岸关系，共同促进台海与区域稳定繁荣。
中国大陆福建湄洲妈祖金身和漳州东山关帝金身应邀赴台巡安传出卡关，台湾政府的大陆委员会主委邱太三星期四（11月30日）表示，须补齐说明同行人员及来台“必要性”等资料。
中国国务院台湾事务办公室发言人陈斌华星期三（11月29日）在例行记者会上应询时说，台湾相关民间社团邀请湄洲妈祖祖庙和东山关帝庙，恭送妈祖金身和关帝金身赴台湾巡安赐福，却遭民进党刁难、阻挡。
他强调，一定要补齐来台方式、路线、人员，以及来台“必要性”等资料，并由主管机关内政部宗教司做相关审核。
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另外，对于国台办批评民进党正副总统候选人赖萧配是“独独配”，“只会毒害台湾前途命运”，邱太三则说，这显示北京不知道民主政治和选举是什么回事，才会有不得体发言。
邱太三隔天上午出席陆委会委托政治大学国际关系研究中心举办的国际研讨会，并在受访时说，过去两岸宗教交流非常频繁，最近昆山妈祖也有来台，各相关申请单位都知道申请流程。
邱太三当天在研讨会致词时也再次向北京喊话，强调维持台海和平稳定是两岸共同责任。
他呼吁北京担当起一个负责任大国对于全球和平稳定应有的义务与责任，停止对台湾进行威吓与胁迫，放弃僵化的政治框架，正视“中华民国台湾”客观存在的事实。
他说，中华民国台湾政府除了尽最大的努力维持台海和平稳定现状之外，也将与全球民主国家共同密切关注大陆领导人的统治思维、北京内外部政策变化以及最新情势发展，采取因应对策，谋求和平之道。
邱太三并引述英国前首相邱吉尔的名言“不要浪费一场好的危机”（Never let a good crisis go to waste），指台海面临的安全危机，是来自于威权中国的威胁与挑战。
台湾内政部长林右昌同日在立法院受访时则说，申请来台的239人当中，有218名非宗教人士；申请计划和实际行程也不一致，已要求对方进行补充说明，仍然未收到回覆。
