结束参访后，马英九在纪念馆广场接受媒体联访时一度哽咽，并多次深呼吸，直言过去虽曾看过一些关于南京大屠杀的书籍、照片，但从未像这次参访受到这么大的冲击。他并形容，南京大屠杀是人类历史上“罕见野兽般的行为”，中国人成为最大受害者。

国民党主席朱立伦29日受访时说，马英九立场站得很稳，在哪都是坚持“中华民国”的立场，外界不要鸡蛋里挑骨头、故意扭曲事实。

他也期待大陆能够更深入了解台湾的心声，“求同存异，方能行稳致远”。

马英九最后强调，希望两岸要交流、合作，更要避免战争的风险，用交流取代对抗，用协商取代冲突。

马英九：两岸应避战谋和 一旦发生战争无法弥补

他说，两岸年轻人在年轻时能够彼此交流，相互了解，多一分接触，两岸多一份情谊；友谊越深厚，冲突发生的概率就会越低。因此，他这次带领青年学生与大陆学生交流。

访问大陆第三天，马英九29日上午身穿深色西装配戴黑色领带，率团前往侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆参访。进馆前，他手持白菊，在遇难者纪念墙前献花、默哀致祭，随后进馆参观。

马英九强调，所有中国人都应该从南京大屠杀事件中吸取教训，要自立自强，要拥有不受外族入侵的能力，才不会被人欺凌、任人宰割；也要注意保持仁爱的心，不要侵害别人。

马英九并重申，两岸都应该避战、谋和，研商如何避免战争，因为一旦发生战争没有任何事情可以弥补。

为此，他在纪念馆留言簿题字，写下“历史绝不可遗忘”。落款方式与28日在中山陵的题词相同，仅署名“马英九”，未加头衔；纪年也采民国与西年并列，未写上“民国”两字。

访问大陆第三天，马英九29日上午身穿深色西装配戴黑色领带，率团前往侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆参访。进馆前，他手持白菊，在遇难者纪念墙前献花、默哀致祭，随后进馆参观。

马英九一行人离开南京大屠杀遇难者纪念馆后，当天下午搭乘高铁转往湖北武汉，并于傍晚会晤中共湖北省委书记王蒙徽。

马英九则提出，这次访问武汉期间，将参访黄鹤楼、东湖，以及武昌起义军政府旧址，还将在武汉大学进行此行第一场学生交流。

台湾前总统马英九星期三（3月29日）在侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆，情绪激动地强调“历史绝不可遗忘”，中国人要自立自强，也不要侵害别人。他并再次呼吁两岸都应该避战、谋和，因为一旦战争发生，没有任何事情可以弥补。

会晤期间，双方以“马英九先生”“王书记”相称。王蒙徽先向马英九一行介绍湖北经济、社会概况，以及湖北与台湾的交流合作现况。

另外，台湾一些舆论批评马英九此行把“中华民国”放在历史脉络中论述，题词落款也不敢写明“民国”。

他还说，身为中国人，不管在海峡哪一边，都应自力自强，对于外部的欺凌要勇敢抵抗，也通过小学、中学、大学教育，让民众了解这个重要事实，并采取必要准备。