台湾行政院院长卓荣泰说，交给洪申翰三项任务，即要稳定劳动部内部同仁的工作情绪；要能健全友善合理的职场，让所有劳工在安全环境中为人民效力；要对所有产业和人民需求提出一套完整的劳工政策。
洪申翰称，他并未要求所有业务单位周末连续上班，每个单位轮流报告跟讨论一个半小时，报告完就可以先走。
综合ETtoday新闻云和中时电子报星期四（11月28日）报道，有基层公务员爆料，洪申翰刚上任，就要求下辖各单位星期六和星期天（11月30日和31日）两天加班完成业务报告。
台湾劳动部北分署吴姓公务员疑遭上司霸凌，11月4日在办公室轻生。原劳动部长何佩珊引咎辞职，民进党立委洪申翰接任。
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对此，洪申翰说明，他接任仓促，且下周要到立法院备询，需在事先听过各司署业务报告，因此才会利用本周末开会。
台湾劳动部前部长何佩珊涉霸凌案引咎请辞，接任的洪申翰被曝光让各单位周末加班，引起基层不满。
他说，外界关注霸凌事件，行政部门需要无缝接轨地接受国会的监督质询，所以同仁需要加班，他感到不好意思，会检讨工作安排，尽量减少同仁非必要的负担。