台湾防长邱国正星期三（4月17日）受访时说，潜舰专案整个团队走向、步调一致，而且潜舰建案是重大专案工作，团队成员有现役军人，可以持续作业，不会因个人改变出现问题。
黄曙光强调，这一决定完全是基于他个人在总统大选期间对国安的思考，希望“潜舰国造”专案不再有政治争议，伤害国防战力的提升，或是有不负责任的言论自由分化伤害人民的感情。
黄曙光的妹妹、民众党立委黄珊珊星期二（4月16日）受访时证实，自己在一两周前就已知情。
台视新闻网网报道，一旦请辞获准，“潜舰国造”专案小组据传也将解编，外界担忧这将影响七艘后续潜舰规划。对此，台湾总统府与国安会传出将设立“先进国防事务办公室”因应，以“3+2+2”三阶段方式继续打造潜舰。
黄曙光当晚发声明说，他请辞是因为身心俱疲，与他人无关，更无关任何政治因素，未来将以民间人士的身份，为台船与海军造舰提供咨询。
台湾首艘自制潜舰“海鲲号”仍在进行测试之际，身为“潜舰国造”专案召集人与国安会咨委的黄曙光请辞，并表示请辞原因是身心俱疲，无关任何政治因素。
在“海鲲号”建造期间，有多位名嘴、民代指控黄曙光是“贪污犯”，但目前尚未证实黄曙光涉及任何不法情事。黄曙光日前已对相关名嘴、民代提出诽谤的刑事告诉，并提出200万元（新台币，约8万4000新元）的民事损害赔偿，检方受理后，已通知双方在5月14日开庭。
他也不点名呼吁有心名嘴、特定学者及政治人物不要再运用媒体作不实报道，不要再分化制造民众与政府的对立，不要再有恶意的攻击败坏社会风气，不要再打击军人名誉与士气，否则台湾的未来堪忧。
黄曙光请辞后，潜舰后续舰量产计划的主导权将回归海军司令部及国防部，但这次人事异动将为后续潜舰量产的计划增添变数。
综合台湾《联合报》、中央社等报道，台湾自制潜舰原型舰“海鲲号”目前已进入泊港测试（HAT）最后阶段，政府内部也正就潜舰后续舰量产计划进行规划。但有知情人士透露，担任潜舰专案召集人的国安会咨询委员黄曙光，近日已向台湾总统蔡英文请辞，不再担任任何公职。