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中国大陆与菲律宾在南中国海有主权纠纷，这一纠纷从去年起持续升级。马尼拉多次指责中国大陆海警和海上民兵在阿云津礁（中国称仁爱礁）水域以高压水枪对付菲补给船；中国大陆则强调海警行为专业克制、合理合法，根源在于菲方违背承诺，拒不拖走非法“坐滩”军舰。
台湾外交部也说，台湾热切期望促进台菲日渐茁壮的伙伴关系，提升双方共同利益，促进印太地区和平繁荣。
新闻稿说，菲律宾外交部重申1975年6月9日时任菲律宾总统马可斯与中国总理周恩来签署两国联合公报中所载明的原则：“两国政府同意以和平方式解决一切争端……不诉诸武力或以武力相威胁”。
台湾总统选举结束后，菲律宾总统小马可斯罕见发文祝贺赖清德当选新一任台湾总统。
不过，在小马可斯发文祝贺赖清德当选的前一天，菲律宾外交部星期天（1月14日）发布措辞较为谨慎的新闻稿，强调菲律宾奉行一个中国政策。
赖清德随后也转发小马可斯的推文，感谢小马可斯的祝贺，并写道，“我深深地重视台湾和菲律宾之间持久的友谊。我期盼强化双方的经济与民间关系，同时支持区域民主、和平与繁荣。”
对于小马可斯的祝贺，台湾资讯环境研究中心（IORG）研究院杨光舜分析，就算不是史无前例，在任菲律宾总统祝贺台湾新当选总统也是罕见的举动。
他认为，菲律宾近期与中国大陆的紧张关系，可能促使菲律宾与台湾有进一步的伙伴关系。
小马可斯星期一（1月15日）在社交媒体X（前称推特）发文说：“我们期待未来数年内（菲台双方）密切合作、强化共同利益、促进和平，并确保我们人民未来的繁荣。”
