在台大校务会议未能成功卡管后，改由台北地检出动，分他字案调查管中闵是否违法赴陆兼职，以及是否违反涉密退职政务人员管制三年登陆的规定，还出动专办重大案件的检察长邢泰钊办案，后者最终升至检察总长。
管中闵形容，“卡管案”让台湾学术界被迫目睹现世的“儒林外史”，御用的学者、收买的名嘴、网络上布建的网军，构成天罗地网，再搭配府院党（总统府、行政院和民进党）三位一体的集体暴力，人格谋杀全面发动，让台大校长变成过街老鼠。
“卡管案”历经三任台湾教育部长，潘文忠虽使出公文拖磨功夫却未奏效，被赖清德认为办事不利，撤换后由吴茂昆接任。吴茂昆接受赖清德交付，以直接粗暴行政命令宣告遴选无效，却遭台大以违反大学法抗命不从。
“卡管案”直至叶俊荣担任教育部长才出现戏剧性转变，他勉予同意管中闵上任，后被赖清德约谈，最终请辞获准，成为第三名因“卡管案”下台的教育部长。
管中闵又说，赖清德2019年面对网军攻击时只会在镜头前哀求，请“总统约束网军”，这是什么样的骨气？让他不禁想到，有朝一日若面对军事威胁，赖清德是否也只会在镜头前哀求，请对方“约束军队”。
2018年初，管中闵爆冷门成为台大新任校长，此后却轮流爆出管中闵未揭露台湾大哥大独董身份，与遴选委员有利益冲突，又被绿委质疑论文疑似不当引用，之后管中闵再遭学者指控在中国大陆多所大学违法兼职，被绿营全面围攻。
台湾大学前校长管中闵连续在脸书发文，批评执政的民进党总统候选人赖清德参与“卡管案”，且“敢做不敢当”，只会闪避卸责。
综合中时新闻网、《联合报》《自由时报》等台媒报道，赖清德在上星期六（12月30日）的总统候选人电视辩论会上称，管中闵能当上台大校长，是他在行政院长任内核定的。
管中闵星期天（12月31日）在脸书贴一张黑色字卡，写道：“2018年政府倾尽全力粗暴干涉台湾大学校长遴选迫害校长当选人，破坏大学自治，当时的行政院长：赖清德”。“听总统候选人辩论会有感：回避问题，但无法逃避历史与责任”。
国民党总统候选人侯友宜星期一在新竹县出席国民党竹竹苗团结誓师大会受访时，批评赖清德在“卡管案”上说谎，“亏你还是台大人，用这样的态度箝制学术自由，非常不应该，这时候又再说这些话，更不应该”。
管中闵星期一（1月1日）再在脸书发文指出，赖清德当年担任行政院长，指挥部会打压台大，迫害校长当选人时，威风凛凛，杀气腾腾。如今面对质疑，敢做不敢当，只会闪卸责。这是什么样的担当?
