但通报也称，鉴于巴斯德研究所和中国科学院共同开展工作的科学意义，双方仍决心继续合作。巴斯德研究所将与中科院对话，以期找到双方都满意的合作形式。
报道称，上海巴斯德研究所成立19年以来，已成为病毒学、疫苗开发和免疫学等领域的领头羊，曾开发出丙型肝炎、埃博拉病毒、艾滋病毒等病毒的药物和疫苗，并为中国培养许多具有影响力的研究员。
因此，双方宣布停止合作关系的举动引发各种猜测，一派舆论认为这可能是中国在科技领域与西方国家脱钩的又一迹象。但也有舆论认为，中国政府仍致力于开展国际科学合作，上海巴斯德研究所可能只是个案。
有关中法科研机构合作中止的原因目前尚不清楚，但法新社报道，巴斯德研究所透露，双方曾在研究所管理规则的制定上出现分歧。
中国科学院与法国巴斯德研究所共同创建的上海巴斯德研究所更名，标志着两家研究机构近20年的合作关系正式结束。
据香港《南华早报》星期五（8月4日）报道，位于上海岳阳路的上海巴斯德研究所7月26日已更名为“中国科学院上海免疫与感染研究所”。同一天，研究所官网也被重新命名，标志着巴斯德研究所与中国科学院近20年的合作正式结束。
中国科学院与法国巴斯德研究所在2004年签署合作协议，共同创建上海巴斯德研究所。但今年3月，法国巴斯德研究所发出声明，宣布决定改变与中国科学院的合作关系，并暂停参与上海巴斯德研究所的活动。上海巴斯德研究所将需要更改名字。
