台湾教育部长潘文忠之前指出，陈明通是在台大任职退休，学校已向教育部提出退休申请案，但陈明通的学伦案正在台大审议中，在学伦案审议完毕前，教育部不会同意其退休案。

陈明通日前已向台大申请退休，据了解，由于已届龄，由台大审核通过之后随即报教育部核准，教育部则视先前校教评会结果后函复台大。届时将由台大人事处颁发陈明通退休证，并由出纳组核发退休金。

陈明通未因学伦风波被解雇，且退休案已送往教育部审议，教育部近日依法审定并同意他退休，结果已函复至台大。台大星期四（29日）说，教育部已核定陈明通退休，学校也依规定通知当事人。

对此，陈文章星期三回应，以台大教授的角度看来，陈明通确实应负起指导不周的责任，因把关论文品质为每位指导老师应负的责任，而陈明通也坦承指导的论文有“撰写公版”，因此学生的论文有相似之处，进而造成瑕疵。

新竹市前市长林智坚、台湾行政院副院长郑文灿涉论文抄袭案，两人的台湾大学硕士学位均因此被撤销。台大校长陈文章星期三（6月28日）首次对此表态，认为论文抄袭案对台大声誉确实造成影响，身为指导老师的台湾前国安局长陈明通应负起责任，并向社会大众公开致歉。

陈文章补充，论文产出过程中有相当多流程，如文献回顾、研究方法、结论铺陈等，都与套用公版有相当大的差别。在林智坚与郑文灿的抄袭案中，因审定委员大多认为论文重复内容过多、抄袭情事严重等，才决定撤销学位。

陈文章说，论文抄袭案对台大声誉造成影响，同一位老师已有两位学生的学位接连被撤销，而学生在学位遭撤销后也并未采取后续申诉方式，但陈明通仍出面喊冤，坚持为学生平反。他认为，陈明通身为指导老师及台大教师，应在指导学生方面付出责任，并对此出面主动向社会大众公开道歉。

一名台大教授称，包含教授在内的绝大多数军公教人员都是选择支领月退休金制，若以正教授月薪10万元（新台币，下同，约4360新元）保守估计，每个月月退俸大约是薪水的六成到六成五，换言之教授退休后每月至少还可以领取6万元，直至过世为止。

就台大社科院长苏宏达公开喊话校方与教育部公开陈明通案相关审定资料，陈文章说，身为校长不能干预独立运作，一切都依相关规定办理。不过事情走到今天，案件公开与否已并非重点，涉及学伦的论文、学位被撤销均已定案，且当事人也无异议，因此没有争议。

综合台湾《上报》《中国时报》《联合报》等报道，此案经台大教评会日前调查审议后，确认为陈明通指导不周，而陈明通将来不得再归建担任教授、不得再申请延长服务、并不得再聘任为兼任教师。陈明通怒斥当时的审议“台大学伦会的判决是一场世纪大寃案”，并表示将持续努力平反，为学生讨回公道。

台湾教育部星期四说，陈明通退休案，台大已就其学伦案件完成审议程序，教育部接续办理退休案，并于6月19日函复学校。

针对陈明通未被解雇恐不符合社会期待，陈文章回应，受限于《教师法》规定，教师必须涉及叛国、贪污、性侵、霸凌等情事才会被解聘，因此台大并无法源依据能将陈明通解聘。

陈文章指出，身为指导教授应在四个学期内真正指导学生并一同参与讨论，因此陈明通认为论文抄袭案为“冤案”一说无法成立。