有网民6月9日在台湾网络论坛批踢踢实业坊（PTT）发文指徐佩勇长期对菲律宾籍女秘书性骚扰包括搂抱、强吻、捏胸、强行脱衣、私处触摸等行为。
对于徐佩勇将对爆料人士提告，国民党立委赖士葆批评说，这是很恶质的加害者心态。
台湾驻菲前代表徐佩勇被指任职期间性骚菲籍女秘书后，被解职并调部。徐佩勇通过律师否认没有对女秘书搂抱、强吻等，并将提告爆料人士。
声明称，徐佩勇确曾在口头言词上有令女秘书感到不舒服之处，事后徐佩勇间接得知女秘书有不舒服之感觉后，深感懊悔及歉疚，即请主管性平事务同仁与女秘书面谈，并当场向女秘书道歉，女秘书也接受致歉。
台湾外交部9日在官网公布，针对徐佩勇被指疑似性骚事件，已将徐佩勇解职并调部，并对此事展开调查。
国民党立委陈以信说，徐佩勇对外界指控有法律权利，予以尊重，但外交部应出面说明，并公布行政调查结果，不应全部甩锅给司法调查。
据台湾《联合报》报道，徐佩勇上星期六（6月10日）委任律师颜文正代发声明说，未如网络爆料所言对女秘书搂抱、强吻等，并称将对该爆料人士及未经查证即对外报道的媒体提出妨害名誉告诉。
