指挥中心指出，农历新年前一周自中国大陆入境订票人数已增至1万1646人次。此外，自元旦起实施自中国大陆入境及金马地区民众春节交通专案旅客采检唾液筛检，统计桃园国际机场加上松山机场的最新数据后，共采检旅客657人，其中阴性为493人、阳性为164人，阳性率为25%，其中Ct值小于或等于30者计有42人，将抽样进行病毒基因定序。
中国大陆疫情严峻，台湾中央流行疫情指挥中心研判大陆这轮疫情将持续超过三个月。台湾行政院长苏贞昌星期二（1月3日）指示指挥中心，除现行的自中国大陆入境及金马春节专案旅客采检唾液筛检措施外，要进一步研议对自中国大陆启程经港澳转机抵台的旅客，采行适当检疫措施。
苏贞昌也指示，有鉴于中国大陆疫情再起，为保护台湾民众健康，降低境外移入风险，除现行所实施自中国大陆入境及金马地区民众春节交通专案旅客采检唾液筛检措施外，请指挥中心在执法公平性的考量下，研议对自中国大陆启程经香港、澳门转机抵台的旅客，采行适当的检疫措施。
苏贞昌说，上周末有许多演唱会及跨年活动在各地举办，许多场次爆满，显见台湾民众已逐渐习惯正常生活，不过因近日进入秋冬时节，台湾疫情有上升趋势，请指挥中心密切追踪疫情发展，并持续宣导疫苗施打及个人保护措施。
指挥中心提到，其中韩、日近期自中国移入病例增加，欧盟并将于星期三（1月4日）召开危机应对会议，讨论中国入境旅客的统一措施。此外，关于台湾疫情，新增病例数和境外移入病例数均上升，春节前返乡人潮可能增加社区风险，将持续监测台湾变异株检出情形及严重度变化。
据台湾《自由时报》报道，苏贞昌3日上午召开扩大防疫会议，行政院发言人罗秉成转述，指挥中心在会中说明，中国大陆本土疫情严峻，官方公布疫情指标明显低估，城市及农村等各地疫情持续上升，整体疫情可能持续超过三个月，日、韩、美、印度、意、英、法等国皆宣布强化自中国入境旅客的检疫措施。
