九华山兴建砖塔1943年初供奉玄奘的顶骨舍利，得名三藏塔。 2003年，南京市玄武区政府及区建设局在小九华山重修玄奘寺，目前由栖霞古寺监院传真法师住持管理。
 

综合网络公开资讯，玄奘寺位于南京市玄武区北京东路九华山公园内，1942年，日军在雨花台大报恩寺三藏塔遗址挖到玄奘大师的顶骨舍利，并记载唐代高僧玄奘顶骨舍利来南京安葬的经过。在南京人民的抗议下，日军将玄奘大师部分顶骨舍利归还给南京人民。

网友发文称，印象中供奉地点在地藏殿，里面最上面一排的长生牌位供奉的是日本战犯。当时殿里没有负责人，别的游客说，供奉这些牌位要3万元（人民币，下同，约6000新元）至5万元，好的位置更贵。

从网友拍摄的图片看，长生牌位供奉的有参与南京大屠杀被称为“杀人狂魔”的日本军官田中军吉（Gunkichi Tanaka）、南京大屠杀主要责任人之一的日本陆军大将松井石根（Iwane Matsui）、南京大屠杀主犯之一的日本陆军中将谷寿夫（Hisao Tani）和日本二战丙级战犯陆军少佐野田毅（Takeshi Noda）。

对于南京玄奘寺被曝光供奉日本战犯牌位一事，南京玄武区民族宗教事务局星期五（7月22日）回应称，将对伤害民族感情的行为一查到底。

有网友星期四发布影片称，今年2月于南京玄奘寺游览时发现，寺内供奉着参与南京大屠杀日本侵华战犯的牌位。

南京玄武区民族宗教事务局在官方微博上称，接到相关举报后，会同公安等部门连夜赶往现场调查。据初步了解，今年2月份，寺方发现相关情况后，已予以纠正。针对上述情况，局方决定对玄奘寺开展整顿。