陈时中上星期三（7月13日）获得民进党征召参选台北市长，14日宣布请辞卫福部长和指挥中心指挥官，18日在交接仪式上将卫福部长和指挥官职务分别交到薛瑞元和王必胜手中。
对于薛瑞元接任，陈时中指出，过去在疫情期间配合非常好，整个体系已经一体成形，因此不担心薛瑞元接任。陈时中在会前接受联访时也说，虽然薛瑞元不是防疫指挥官，但接任指挥官的王必胜在决策前也会请教部长的意见，在分工上“没有问题”。
薛瑞元则说，陈时中打下很好的基础，因此他知道自己要接任部长时不会感觉忐忑。
陈时中18日将台湾中央流行疫情指挥中心指挥官背心交接给卫福部附属医疗及社会福利机构管理委员会（简称医福会）执行长王必胜并勉励，“穿上这件衣服就要明白这是任重道远品尝我这两年多来的滋味，交给你我很放心”。
据台湾《联合报》报道，陈时中18日在卫福部长交接仪式上，在行政院秘书长李孟谚见证下，将领导棒子交给接任的原政务次长薛瑞元。
陈时中回忆起过去五年多的任期时说，与各部会都有很好的合作推动很多法案修正、新订，除了有政策制定能力，还能与立法院沟通协调，非常感谢过去共事的同仁。
民进党台北市参选人陈时中星期一（7月18日）卸任台湾卫生福利部长时，表明希望“大家惠赐我一票”。
陈时中在交接仪式致词和结尾时喊出，“请惠赐我一票！”，并说无论在哪个位置都是使命必达。他在五年前接任卫福部长时就期许自己宁愿“战死沙场”，也不要抑郁而终。
