海巡署表示，武汉肺炎是长期的抗战，海巡署持续与防检疫机关密切配合，绝不能让防疫从海上、从岸际产生破口，进而危害台湾民众的生命安全，渔民如在海上作业发现中国大陆渔船踪迹时，可拨海巡署118免费专线，俾利即时应处及提供必要之协助，绝不让武汉肺炎有一丝入境的机会。

据中时电子报报道，台海巡署表示，为了避免造成防疫漏洞，海巡署除提高海上巡逻密度，特别是大陆渔船作业密集地区，并加强雷达及守望监侦，以最高标准全程掌握海上目标动态，发现海上并靠目标，即派遣线上巡防艇前往查察。

另外，各港口安检工作则运用红外线热显像等科技器材，加强澎湖地区查缉工作，防堵陆籍人士或是台湾人从非正常管道来台。

台湾行政院副院长陈其迈31日透过视讯会议与各县市首长进行防疫会议，澎湖县长赖峰伟表示，大陆渔船越界拖网及海上交易，可能成为防疫漏洞，希望能海巡能派遣舰艇加强巡逻并驱离陆船。海洋委员会主委李仲威昨上午10时在海巡署勤务中心，要求充分加强执法强度及密度。