印尼的声明说，根据国际法，该海域被公认为其领土。“印尼拥有勘探该地区自然资源的主权，任何国家都不得干扰。”
印尼方面此前说，当局星期一发现中国海警船后，通过无线电与对方沟通时，中方坚称有关水域属于中国管辖范围。印尼最终出动巡逻机和巡逻舰将中国海警船驱逐。
印尼虽然不是南中国海主权声索国，但与中国显然存在海域主权重叠。2017年，印尼政府将纳土纳群岛北部的专属经济区易名为“北纳土纳海”，部分海域与中国划定的“九段线”重叠。该海域蕴藏大量未开发石油和天然气。
中国宣称拥有南中国海绝大部分主权，中方船只偶尔会进入位处南中国海南端边缘的北纳土纳海，多次引起雅加达抗议。
延伸阅读
中国和印尼近年来关系密切，这一事件令人担心两国关系会蒙上阴影。不过，许耀峰认为，由于双边贸易关系紧密，战略伙伴关系牢固，这不太可能对印尼与中国的关系产生不利影响。
印尼当局说，同一艘中国海警船曾于星期一和星期三（21日及23日）两次未经许可进入北纳土纳海，干扰了印尼国有石油天然气公司旗下一个单位在工作区域展开的地震探测活动。
印度尼西亚过去一周三次将一艘中国海警船驱离南中国海有主权争议海域。受访学者指中国可能是试探印尼新政府的海上安全政策，印尼的行动则表明新政府维护国家利益的决心和立场非常坚定。
新加坡尤索夫伊萨东南亚研究院访问资深研究员许耀峰接受《联合早报》采访时说，中国此举并不罕见，这可能是试探印尼新政府的海上安全政策。“这并不是什么新鲜事。在前总统佐科执政期间，中国船只就不时在北纳土纳海进行探测。”
中国与印尼2020年也曾在北纳土纳海发生争执，当时印尼部署了战斗机和军舰在该海域巡逻。
中国外交部发言人林剑星期四（24日）回应说，中国海警船是在中方管辖的海域巡航，并表明愿通过外交渠道与印尼加强沟通协商，妥善处理两国间的海上问题。
印尼新总统普拉博沃已承诺加强对领土的防御，这次事件是他上任后的新考验。许耀峰说，普拉博沃政府驱逐中国海警船，表明了他维护印尼国家利益的决心和立场非常坚定。
北京和雅加达是重要的经济盟友，但印尼正在阻止外国船只在其海域捕鱼，称这导致每年数十亿美元的经济损失。
印尼海事安全局星期六（10月26日）在一份声明中说：“中国海警5402号星期五（25日）重新进入印尼管辖范围。”
