中大是香港知名的大学，在亚洲大学排行榜长期位居前10位，但许多中大学生在2019年反修例运动期间参与抗争，中大因此也被称为“暴大”（暴动大学）。
香港理工大学香港专上学院讲师陈伟强接受《联合早报》访问时指出，段崇智在反修例风波期间曾经发公开信谴责警员涉嫌滥暴，惹来建制派尤其是警队的不满。后来他虽然获得校方续约，但不少建制派人士一直认为他不太合作。这次他请辞，是意料中事。
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香港立法会去年11月通过修订中大大学条例，段崇智星期二（1月9日）在新闻稿中指出，中大按照上述修订落实新的管治架构，此时是让大学物色一位新校长的合适时机，未来一年将不遗余力确保大学管理及运作畅顺延续及过渡。
不过，段崇智在反修例事件过后曾参与大学校长联署，表示理解订立《香港国家安全法》的必要性，但仍屡受建制派批评，批其中包括香港前特首、中国全国政协副主席梁振英。
在反修例运动期间被指立场倾向学生的香港中文大学校长段崇智请辞，并将于明年1月卸任，但并无交代原因。有受访学者认为，事件给予外界的观感欠佳，但相信不会影响香港高等院校的国际形象。
曾担任中大校董的新思维主席狄志远说，对段崇智请辞感到震惊和遗憾。他认为，大学应该有自主空间，不受政治干预，否则会产生寒蝉效应，影响大学的声誉，海外学者或会却步。
而段崇智的妻子罗闻亚，早前曾卷入涉贪风波。香港廉政公署去年8月发表声明，透露正调查中文大学辖下一所医学中心有人涉嫌贪污及挪用公款，更持法庭手令到中大调查及蒐证。有消息指涉案的是中大心血管基因组医学中心，而该中心的负责人为罗闻亚。案件仍在调查当中。
中大发表声明，指校董会主席星期一（1月8日）收到段崇智的请辞信函，中大十分感谢段崇智过去六年尽心服务及领导大学。校董会将按照《香港中文大学条例》规程，设立由大学校董会主席、三名大学校董会成员及三名大学教务会成员组成的委员会，就招聘新校长事宜向校董会提供意见。
他说：“香港是我出生及成长的地方，能够回到我的家，并获委以重任服务这所伟大学府及整个大学群体，履行中大的创校使命，是我毕生的光荣。我衷心感谢中大社群在过去六年来给予我的支持。”
段崇智在反修例期间多次应学生要求，与示威学生见面。中大二号桥成为学生与警方对峙冲突的前线重地时，段崇智曾联同大学高层前往二号桥与警方斡旋，在警方施放催泪弹后才离开现场，被建制派批评包庇示威者。
对于建制派批评段崇智包庇反修例示威者，狄志远指出，当时各方都难以估计反修例风波的发展，事情“过去就过去”，如果仍用政治有色眼镜看待事情，将无助香港复元。
他认为，这起事件给予外界的观感不好，但相信影响不会太大，也不会被西方炒作，“最近美国有数所大学的校长因为被指对抗校内反犹太主义不力而请辞，西方媒体在这个时候也不好意思批评香港。”
