超思自巴西进口逾8000万个蛋，在野国民党要求政府说明巴西蛋进口后的流向，农业部推托，在国民党执政的台北、台中等县市展开清查。
他强调，蔡英文、赖清德和陈建仁都肯定陈吉仲这七年来的表现，陈吉仲是因为有很多不正确的假讯息和刻意制造的抹黑影响农业部团队而请辞，他们都肯定陈吉仲的承担。
进口蛋争议越闹越大，民众对政府无法确保食安感到恐慌和愤怒，赖清德民调因此下跌。上周请辞被慰留的陈吉仲，突然于星期二请辞获准，被视为民进党危机处理的止血动作。
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陈吉仲保证说，进口蛋须通过农业部的防疫要求才能贩售，市场上架的都是安全合格鸡蛋。替政府洗蛋和标示日期的台农蛋品董事长涂万财也称没问题。不料，台农后来改口承认有一批巴西蛋误标效期，主动回收下架。
属于民进党新潮流系的行政院副院长郑文灿星期四（9月21日）驳斥说，“这是完全没有事实依据的猜测”。
台湾从巴西进口的鸡蛋传出过期窜改标签和混充台产鸡蛋等争议， “蛋怨”冲击执政的民进党总统参选人赖清德及立委选情，农业部前部长陈吉仲星期二（9月19日）突然请辞获准，府院党高层口径一致，肯定陈吉仲表现，否认派系斗争。
行政院长陈建仁星期五（9月22日）将到立法院对进口鸡蛋做专案报告，在野党虽然磨刀霍霍，但有分析认为，陈吉仲去职，处理进口蛋的中央畜产会董事长林聪贤也跟进请辞，相关决策和金钱流向出现“断点”，追查不易。
国民党立委参选人罗智强等人星期四则到台北地检署，告发陈吉仲和林聪贤两人涉嫌教唆犯罪。国民党台北市议员徐巧芯等人先前也控告陈吉仲图利。
台中市政府查获两家替农业部代工的液蛋制造厂，从6月起用土耳其、巴西进口蛋制成液蛋，但产地标示为台湾。业者声称，他们是按照农业部指示行事，直到7月底才改回来源进口国。
为解决蛋荒，农业部今年初从巴西进口鸡蛋，被农产专业人士指控部分巴西蛋来自禽流感疫区。农业部先前称，最后一批巴西进口蛋的装船日为5月底，当时巴西未被列为禽流感疫区，无疫病风险。
农业部代理部长陈骏季解释，鸡蛋变成冷冻液蛋，是属于“实质转型”，制造地可以标台湾。但卫生福利部称，洗选、液蛋皆未实质转型，食品安全法规范从未变过。农业部再度因“监督不周”道歉。
涂万财是屏东大型蛋商，有“养鸡大王”之称。面临巨额罚单，他悔不当初地向媒体道出，当初农业部主动找他帮忙，事发后农业部要他担起责任平息此事。
随后在市面贩售的巴西蛋被发现标注9月6日制造，保存期限至10月5日。农业部解释，巴西蛋在全程冷链下，保存期限可达90天，后来又称巴西蛋有用食用蜡喷膜，保存期限可达四个月。
进口巴西蛋的超思公司仅有50万元（新台币，下同，2万2000新元）资本额，却能进口数亿元鸡蛋，在野党质疑此事与民进党人士有关，和过去一些小吃店可进口疫苗牟利模式如出一辙。涂万财坦承，先前力挺超思，也是农业部要他挂保证。
《美丽岛电子报》董事长吴子嘉指出，陈吉仲是总统蔡英文的人马，请辞之事出现反转，是因赖清德人马逼宫，是新潮流系在斗英系。
