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另外，《自由时报》星期三引述不具名官员称，“服贸十大真相”是2014年刊载于《交流》杂志的内容，九年来仅500多次点击率，近期突然暴增至5万多，国安单位怀疑有境外网军在背后操作，已责令海基会先行下架，并展开资安调查。
时隔10年后，目前台湾在野的国民党总统参选人侯友宜，以及民众党总统参选人柯文哲，近期都抛出若当选将“重启服贸”的想法，也让这项课题再度受到台湾舆论关注。
为此，国民党发言人林家兴星期三（7月5日）批评，人民想了解服贸真相，试图上网搜寻资料，不想掉进民进党的政治宣传陷阱中，民进党却公然指挥国安单位，要求海基会下架相关资讯，阻断人民获得资讯的来源、剥夺人民知的权利。
具官方背景的台湾海峡交流基金会，近期将刊有马英九政府两岸服贸协议说帖内容的网页下架，引发在野阵营批评。海基会发言人蔡孟君回应说，是因为网页近期出现点击量异常增加，为确保网站运作正常，才暂时下架优化，完成后即会重新开放。
她说，海基会主要职责是提供第一线服务，为确保官网稳定运作，让民众顺利取得资讯，目前正进行网页优化，待相关工作完成后，会重新开放浏览，绝不会窜改、删减过去刊登的内容。
不过，据风传媒等台媒报道，过去受官方授权与大陆协商两岸协议的台湾海基会，近期以网站优化为由，将官网上刊有马政府时期“服贸十大真相”说帖的《交流》杂志栏目下架。
对此，蔡孟君说，她并不清楚上述报道的内容，但海基会本身对资安要求十分严谨，必须符合政府相关的资安稽核，每年也都有内、外部稽核。至于异常增加的点击来源是否来自境外，她则说会进行内部分析，目前没有资讯可以提供。
身兼海基会副秘书长一职的蔡孟君星期四（7月6日）在例行吹风会上应询时则说，官网部分文章近几周内确实在短时间内出现大量点击次数，有些异常。
中国大陆与台湾马英九政府在2013年签署《海峡两岸服务贸易协议》，但因当时台湾民意不满立法院审查草率，进而爆发太阳花学运要求退回，使得这项协议至今未生效。
