有别于国民党前主席连战2005年大陆之行于北京大学发表演讲，马英九此行既避开北京，降低政治敏感度，也未计划在大学发表公开演讲，而是在武汉大学、湖南大学与复旦大学三校主持两岸青年座谈。
大陆委员会副主委兼发言人詹志宏星期四（3月23日）在例行记者会上说，马英九当年是台湾人民一票一票投选出来的“中华民国”总统，即使卸任出访，政府给予相当礼遇，其一言一行动见观瞻，应考量整体社会期待，反映多数民众看法，“维护我们的主权和自由民主制度”。
马办：祭祖行程 农历年前与大陆协商确定
延伸阅读
因马英九此行与总统蔡英文过境美国访问友邦的时间重叠，绿营质疑马英九在抢蔡英文风头，相对蔡政府的亲美，马英九被冠上“亲中”、主张统一的标签。
萧旭岑表示，马英九大九学堂的成员在台湾已看过很多历史景点，他们希望让年轻人了解历史不只是教科书上的历史，此行会去南京看“中华民国”的总统府，去看武昌起义开第一枪的地方，了解“中华民国”的起源，以及对日抗战的景点等，让年轻人重新认识历史。
台湾前总统马英九下星期一（3月27日）将赴中国大陆祭祖，抵达翌日（3月28日）将于南京中山陵发表公开谈话，并带领30名青年学子与大陆学生交流，看“中华民国”诞生的历史与足迹，让年轻人重新认识历史。
马英九办公室执行长萧旭岑说，从人道考量，马英九快满73岁，在疫情缓和后回故乡扫墓，相信不同立场者都可接受；同时马已顾全大局，不去北京，与2024年总统大选关系不大；更希望此行能为紧张的两岸关系带来缓和的气氛。
马英九办公室执行长萧旭岑星期三（3月22日）向外媒进行背景说明时说，从人道考量，马英九快满73岁，在疫情缓和后回故乡扫墓，相信不同立场者都可接受；同时马已顾全大局，不去北京，与2024年总统大选关系不大；更希望此行能为紧张的两岸关系带来缓和的气氛。
对于大陆部分网民有些不友善的言论，马办表示理解，称两岸近年相互仇视，大陆武统台湾声量很高，他们也希望藉由青年学生的交流，让对岸了解台湾，与在民主体制成长的台湾青年交流，化解双方的敌意，对两岸关系、区域情势都有正面助益。
萧旭岑直言，“统一”就写在《中华民国宪法增修条文》的前言中，如果大陆主张和平统一，两岸学生可以讨论要如何统一、有何条件统一，“统一”不应该是禁忌话题，也可成为辩论的议题，最重要的还是跨出那一步，“一直在台湾抗中叫嚣，永远不会有解决问题的一天”。
马办说，马英九祭祖的行程从农历年前便与大陆进行协商确定，蔡英文行程是与美国众议院议长麦卡锡商议后决定的，媒体3月才报道。执政的民进党指控马英九登陆时间是中共决定的，马办说，中国的清明节就在4月5日，“其实是中国老祖宗决定的”。
在马英九登陆行程中，除了祭祖与青年学生交流外，许多行程和民国史相关。
