移民与关卡局在1997年启用自动通关系统。当时尚未使用生物认证护照，所以须申请智慧卡，里头储存了持有人的生物特征信息，通关过程和现在使用生物认证护照通关一样。

2017年底，移民与关卡局试用全新的自动通关系统，让汽车司机乘客无须下车，就能通过四个机械臂进行脸部识别与指纹扫描，办理通关手续。

如今，新加坡人到马来西亚、泰国、香港、澳大利亚等地，也可以使用当地的自动通关系统。英国内政部12月初宣布，2019年夏季开始，新加坡护照持有者进入英国时，可直接使用电子自动通关系统。

移民与关卡局在2006年8月15日开始使用生物认证护照。当时美国强制规定，享有免签优待的国家，其人民必须改用具备生物认证功能的护照。

生物认证护照是指嵌入了微处理器的传统护照。微处理器储存了护照持有人的个人信息，包括指纹、虹膜、脸部等生物特征信息。在使用自动通关系统时，扫描器会读取护照微处理器里的信息，同时扫描护照持有人的指纹或虹膜，加以对照认证。

生物认证护照的普及化，提高了关卡的通关效率，因为护照持有人可以使用自动通关系统，一般只需15秒即可通关。